Voir L'article R421-2 du Code de justice administrative.....
"Sauf disposition législative ou réglementaire contraire, le silence gardé pendant plus de deux mois sur une réclamation par l'autorité compétente vaut décision de rejet.
Les intéressés disposent, pour se pourvoir contre cette décision implicite, d'un délai de deux mois à compter du jour de l'expiration de la période mentionnée au premier alinéa. Néanmoins, lorsqu'une décision explicite de rejet intervient dans ce délai de deux mois, elle fait à nouveau courir le délai du pourvoi.
Ca, c'est valable pour les usagers et pas de règle spécifique à l'attention des fonctionnaires mais a priori dans votre cas, ce serait une décision implicite de rejet. Il me semble difficile de quitter ses fonctions sans autorisation de l'employeur : attention à l'abandon de poste !!!
Cordialement