Bonjour Katia,
C'est bien à la collectivité de la rémunérer => pendant la durée du congé maternité + éventuellement du congé pathologique.
La collectivité ne paie pas à l'agent des IJ mais son traitement normal.
La CPAM calcule quant à elle les IJ maternité sur les salaires nets des 3 mois précédant l'interruption de travail, l'agent non tit de droit public ne dépendant pas du régime général de sécurité sociale pour les arrêts de travail maladie, maternité etc., dès l'instant où il remplit les conditions d'ancienneté (pour la maternité 6 mois de services, toutes collectivités confondues) => la CPAM n'a pas, je pense, à prendre en compte les salaires de non tit dans son calcul des IJ => l'agent ne devrait rien perdre puisqu'il cumulera son traitement comme s'il n'était pas en arrêt de travail et les IJ sécurité sociale pour les postes dans le secteur privé.
La CPAM n'est pas vraiment au fait de ce qu'est un agent non titulaire de droit public...le plus simple parfois c'est d'appeler la personne référente sur le dossier de l'agent ou, pour plus de clarté, de faire un courrier à l'agent pour lui expliquer sa situation administrative avec copie à la CPAM.