Bonjour,
En l'état actuel du droit applicable, l'employeur n'a pas de droit d'appréciation de l'opportunité pour un agent de prendre ou non les transports en commun. Attention toutefois à ce qu'il s'agisse bien d'un déplacement domicile-travail qui emprunte un trajet direct entre les deux lieux, mais la distance n'est pas limitée, tout dépend des conditions physiques ou des contraintes personnelles de l'agent (je dépose un enfant chez la nounou sur le trajet par exemple) qui peut rendre le trajet à pied difficile.
Cordialement