Congé de grave maladie détails d'application

Bonjour,
Je suis contractuel de la FPT depuis 6 ans avec un CDI.
J'ai été opéré en décembre 2012 pour une affection grave qui fait partie de la liste longue maladie/grave maladie.
Depuis j'ai été en arrêt continu pendant près de 3 mois puis le suivi de mon opération et de mon traitement va m'obliger à être arrêté de façon discontinue pendant une période pouvant durer longtemps, par exemple en ce moment je suis à l’hôpital donc en arrêt 1 semaine toutes les 3 semaines.
J'aurais pu bénéficier d'arrêts permanents depuis plus de 4 mois maintenant mais la reprise de travail est importante pour moi, tant par moralité que par besoin de travailler pour me recadrer.
Ayant compris que je risquais de dépasser les 3 mois de traitement à 100 % du CMO, j'ai donc demandé la reconnaissance d'un congé de grave maladie pour augmenter mes droits à 100 % pendant 1 an.

La procédure a été mise en route il y a 1 mois et j'ai pris rdv avec le médecin-expert puis je viens de recevoir un courrier de la DRH me précisant que compte tenu que j'avais repris mon activité et que je n'étais pas en ce moment en arrêt, la procédure était stoppée et qu'il faudrait que j'aie à nouveau un arrêt de plus de 3 mois pour la faire éventuellement.

Tout cela me paraissant un peu étonnant, j'ai donc cherché en ligne différents documents, voilà ce que j'ai trouvé :
- le congé de maladie prévu à l'art. 7 du décret 88.145 prévoit bien le congé en cas de service discontinu
- l'art 8 prévoit le "grave maladie" note " atteint d'une affection dûment constatée,le mettant dans l'impossibilité d'exercer son activité", la DRH me précise que je peux exercer puisque j'ai repris mais à mon sens, cette phrase est à lire de façon plus générale et notamment, pour le cas où les périodes de travail et d'arrêt se suivent, cela concernerait justement les périodes où l"on ne peut pas travailler. De manière plus générale, il serait étonnant que les conditions valables pour le CMO ne le soient pas pour le "grave maladie"
- Toujours de façon plus générale, en faisant preuve de bonne volonté et en reprenant le travail le plus possible pour n'être arrêté que le minimum, je serais moins bien traité qu'en ne travaillant pas du tout !
- j'ai trouvé sur le site gestion.agorha.agriculture.gouv.fr , un document comparant longue maladie et grave maladie qui précise en page 8 que " Le congé peut être pris en : - périodes continues ; - périodes fractionnées ;
- j'ai trouvé également sur le site cdg88.fr un document qui précise que les conditions du "longue maladie" pour les fonctionnaires et celles du "grave maladie" pour les non titulaires étaient les mêmes

Au vu de tout cela, j'ai bien l'impression que mon arrêt depuis maintenant 4 mois et bien qu'il soit discontinu me donne bien le droit à la reconnaissance du congé de grave maladie afin que mes droits à traitement 100 % soient prolongés sur 1 an.

Je vous remercie par avance de vos contributions, bonne journée