CAE et arrêt maladie

bonjour
Un collègue en contrat CAE est en arrêt maladie depuis le 7 décembre et à ce jour prévu jusqu'au 2 mars.
En décembre et janvier nous lui avons versé son salaire en totalité, et avons fait une demande de subrogation auprès de la CPAM.
A priori, nous ne devions pas agir ainsi.

Pouvez vous m'expliquer comment régulariser cette situation ?
Comment devons nous rédiger le bulletin de paie de février ?

Nous n'avons jamais géré une telle situation et sommes un peu (même beaucoup!) perdu

Merci de votre aide
cordialement