A priori je dirais qu'il faut se référer au Décret N°85-1250 du 26/11/1985
Article 5 : (..) le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l'année suivante, sauf autorisation exceptionnelle donnée par l'autorité territoriale.
Donc si l'agent n'est pas en activité au 31 décembre il n'a pas le droit à ses congés de l'année.