Bonjour,
1) Ce dont il faut tout d'abord se rappeler est que le report de congé est une tolérance et non un droit. Dans le cas présent, l'impossibilité de solder les congés n'est pas du fait de la collectivité, mais bien de l'agent (absence).
2) Tout dépend de votre mode de calcul pour les autres agents, notamment ceux à temps partiel. Leurs droits sont-ils proratisés ?