Bonjour,
Juridiquement, vous n'avez aucune obligation de reprendre cet agent en CDD.
Il peut effectivement s'inscrire à Pôle Emploi mais la convention d'assurance chômage précise que l'une des conditions à remplir pour percevoir une indemnité de chômage est d'être physiquement apte. Sinon, il sera considéré en maladie et pris en charge, suivant sa situation, par le régime général d'assurance maladie.
Ceci dépend bien entendu de la situation personnelle de cet agent, mais il vaut mieux laisser les régimes d'assurance maladie et d'assurance chômage prendre le relais durant la maladie de l'agent et envisager un cdd à l'issue de cette maladie. Chacun son rôle.
Cordialement