Bonjour,
http://www.cdg35.fr/scripts/04GestionPersonnel/04_Documentation_Pratique/04_Guide_cdg35.asp?Recherche=1&idPole=4&idRubrique=8 (premier document, guide des non tit, notamment page 24 du doc pdf)
Si l'agent contractuel est en maladie plein traitement, alors il doit percevoir à la fin du mois de paie le même traitement que s'il n'était pas en arrêt maladie.
La subrogation n'est qu'une mesure de gestion administrative du dossier, elle est ouverte à tout employeur, privé ou public.
http://www.ameli.fr/employeurs/vos-demarches/arret-maladie/la-subrogation.php
Sur le formulaire de demande de subrogation on doit effectivement faire apparaître les charges, mais cela ne change en rien le traitement versé à l'agent ni les sommes versées directement à la collectivité par la CPAM.